El método diagnóstico de elección ante un paciente con dolor abdominal focalizado en FID es la ecografía. En primer lugar, se utiliza porque el paciente es un niño y estos son muy sensibles a la radiación. También podría utilizarse RM, pero la ecografía sigue siendo el método de elección. El método diagnóstico por ultrasonido resulta no invasivo, las imágenes son seguras y no irradian al paciente.

Los avances tecnológicos en el campo de la ecografía posibilitan el estudio de las capas intestinales y del mesenterio circundante con una alta resolución espacial, permitiendo nuevas aplicaciones clínicas, como son: la valoración de la actividad inflamatoria aguda, de la respuesta al tratamiento y las complicaciones en la enfermedad de Crohn, el control ecográfico en las apendicitis agudas recurrentes o el apoyo a la decisión de tomar una biopsia en la enfermedad celíaca.

Por todos estos motivos se elige la ecografía para el diagnóstico, aunque en algunos estudios recientes muestre una sensibilidad menor del 50% debido a que es un examen operador-dependiente.