La mayor dificultad se plantea en la diferenciación de atelectasia con la consolidación neumónica, ya que ambas entidades se presentan como opacidades radiológicas. Podemos diferenciarlas de la siguiente manera:

Signos radiológicos 		Atelectasia 		Neumonía.
Opacificación 			+ 			+
Desviación mediastínica 	Hacia la lesión 	Normal o rechazada
Posición del diafragma 		Elevado 		Normal o descendido
Posición de la cisura 		Hacia la lesión 	Normal o rechazada
Broncograma aéreo 		- 			+

Otros diagnósticos diferenciales deben efectuarse con: embolismo pulmonar (raro en la infancia), tumoraciones, hemorragia pulmonar, anomalías vasculares y malformaciones congénitas pulmonares. En caso de derrame pleural, el mediastino se desplaza hacia el lado contrario de la lesión, siendo en este caso de gran ayuda diagnóstica la ecografía torácica.